Am 1. Dezember 1960 wurde Heilig Geist zur selbständigen Stadtpfarrei. Das Gebiet, große Teile des Kuhbergs, wurden von den Pfarreien St. Elisabeth und St. Maria Söflingen (heute: Mariä Himmelfahrt) abgetrennt. Als erster Pfarrer wurde Anton Schaub am 29. Januar 1961 investiert, der mit unermüdlichem Einsatz fast 15 Jahre lang die Gemeinde prägte.
Die wichtigste Aufgabe, um ein Gemeindeleben in einer solchen Stadtgemeinde zu ermöglichen, war die verschiedenen Menschen zusammenzuführen: zunächst die Einheimischen aus Ulm und Söflingen, die Kriegsheimkehrer und die Vertriebenen; später Arbeitsmigranten aus ganz Deutschland und aus dem Ausland.
Am 1. Oktober 1966 öffnete der Kindergarten Heilig Geist neben der Kirche seine Pforten.
Aufgrund einer besseren Strukturierung der Gebiete werden am 1. April 1968 die Katholiken des Ulmer Vororts Grimmelfingen und des Donautal nach Heilig Geist umgepfarrt.
1968 kam es zur ersten größeren Umgestaltung der Kirche: ganz nach den Forderungen des Zweiten Vatikanischen Konzils wurden die Kanzel und die Kommunionbänke entfernt, Ambo und Tabernakelstele aufgestellt. Die Taufkapelle erhielt ihre heutige Gestalt. Der Chorraum bekam erst 1978 sein heutiges Aussehen mit der Anbringung des großen Kreuzes.
In den siebziger Jahren kam noch ein Weiteres hinzu: das lang ersehnte Gemeindehaus. Am 10. September 1973 feierte man Richtfest, am 14. September 1974 wurde es eröffnet. Nun waren größere Begegnungen und Treffen in der Gemeinde möglich. Kein Wunder, dass in dieser Zeit auch die Erwachsenenbildung boomte.